Vương nữ Isabel rất được yêu mến và kính trọng ở Tây Ban Nha. Năm 1885, một tàu tuần dương của Hải quân Tây Ban Nha được đặt tên là Infanta Isabel dựa theo tên của Vương nữ. Một trong những hoạt động công khai quan trọng nhất của Isabel là chuyến đi năm 1910 tới Buenos Aires, Argentina, với tư cách là đại diện của Vương quốc Tây Ban Nha nhân dịp kỷ niệm 100 năm của Cách mạng Tháng Năm, được coi là cột mốc khởi đầu của cuộc Chiến tranh giành độc lập của Argentina. Một con phố ở Buenos Aires, có tên là Paseo de la Infanta Isabel vốn được đặt theo tên của Infanta María Isabel. Ngoài ra còn có một con phố có tên tương tự ở Madrid.

María Isabel Francisca qua đời vào ngày 22 tháng 4 năm 1931, thọ 79 tuổi, khi đang sống lưu vong ở Pháp. Cái chết của Vương nữ xảy ra 5 ngày sau khi cháu trai gọi bác của Isabel là Quốc vương Alfonso XIII bị phế truất khỏi ngai vàng Tây Ban Nha và toàn bộ Vương thất Tây Ban Nha phải sống lưu vong. Sau chiến thắng của đảng cộng hòa ở Tây Ban Nha, María Isabel được chính quyền cộng hòa thông báo rằng Vương nữ không cần phải rời khỏi đất nước như các thành viên khác - một minh chứng cho tình cảm mà người dân dành cho Vương nữ - nhưng Infanta Isabel đã tự nguyện chọn sống lưu vong như các thành viên trong gia đình. Vương nữ để lại hầu hết trang sức của mình cho cháu trai, và chiếc Mellerio Shell Tiara nổi tiếng của María Isabel đã được truyền lại cho Vương thất Tây Ban Nha hiện tại và thường xuyên được Thái thượng Vương hậu Sofía đeo. Năm 1991, Juan Carlos I của Tây Ban Nha ra lệnh chuyển hài cốt của Isabel từ Pháp sang Tây Ban Nha và cho chôn cất trong nhà nguyện của Cung điện Vương thất La Granja de San Ildefonso gần Segovia, và một phòng khách trong cung điện sau đó đã được đổi tên để vinh danh Infanta María Isabel.

Có một tác phẩm điêu khắc hoành tráng về Vương nữ Isabel tại Parque del Oeste, một công viên công cộng ở Madrid. Bên cạnh đó, trong khuôn viên của công viên thuộc Cung điện Vương thất La Granja de San Ildefonso còn có một tác phẩm điêu khắc bằng đá cẩm thạch cỡ lớn khác về Infanta María Isabel cùng với một bó hoa hồng.